在首次牆外調查途中，懵懂無知的調查兵團成員遭遇了最為慘烈痛苦的一刻。而就在當時，艾倫•葉卡（三浦春馬 飾）被吞噬後竟也異變成巨人，並以壓倒性的攻勢消滅了其他巨人。倖存者們回到城中，而艾倫則被政府抓住，命懸一線。關鍵時刻，一隻鎧甲巨人從天而降，抓走艾倫後迅速離開。當艾倫從昏迷中醒來，發現自己和敷島（長谷川博己 飾）置身於一個封閉的房間裡。敷島淡定自若，向眼前的青年講述了巨人誕生的可怕真相。與此同時，三笠•阿克曼（水原希子 飾）、阿明•阿諾德（本鄉奏多 飾）等人經過討論後也展開相應行動。與巨人的對抗進入了新的階段……
 本片根據同名漫畫改編。