概要恐竜帝國の総攻撃により、地球は壊滅の危機に瀕していた。だが、この日のために用意された真ゲッターロボはいまだ起動せず、メインパイロットの流竜馬も戦闘不能な狀態にあった。そこで地球を守るべく、巴武蔵は単身ゲッターロボに乗りこんで恐竜帝國のメカザウルス軍団を迎え撃つ。そして武蔵はゲッター爐心を暴走させて、メカザウルス軍団を道連れにゲッターロボと共に散ったのだった。そして、５年の月日が流れた…。恐竜帝國は滅びていなかった。再び地上を襲い始めたメカザウルス達。だがこの日のために神隼人はネオゲッターロボを完成させていた。更に隼人は二人のパイロット、橘翔と大道剴を育て上げていた。しかしゲッターには３人のパイロットが必要だ。しかもとてつもない能力の持ち主が。やがて隼人はついに最後のパイロットを見つけ出す。恐竜兵士をも素手で倒す猛者、一文字號を。かくして３人揃った新生ゲッターチームはネオゲッターロボを駆り、恐竜帝國との激闘を開始した。だが恐竜帝國の帝王ゴールは、脅威的な新しい力を手に入れゲッターに迫る。この戦いの果てに待つものは何か!?