《魔法禁書目錄第三季》改編自鐮池和馬執筆、師灰村清孝負責插畫的輕小說。故事講述的是從東京都西部被分割出來的這座都市中，“超能力開發”被列為學校課程的一部分（學生作為人體科學實驗對象）。在二百三十萬人口中，有八成都是學生，所以被稱為學園都市。他們每天都在超能力開發上進行相互競爭。根據能力高低不同，可以分為6級，從無能力（level 0）到超能力（level 5）。故事的主角上條當麻是學園裡的一個無能力者，但並非完全沒有能力，他的能力是能夠將一切異能之力無效化。他只有右手能夠使用這種能力，還給自己的這種連上帝的奇蹟都能抹殺的能力取名為“幻想殺手”。而正因為他的右手似乎把神的祝福都給抹殺掉的緣故，導致自己一直過著不幸的生活。某一個暑假的日子，在家裡的陽臺上，他遇見了一位修女；這位少女自稱自己的名字叫“茵蒂克絲”，並是從魔法的世界逃了出來，現在正在被魔法師追趕中。就這樣，掌握了十萬三千本究極魔法書的少女與擁有抹殺一切奇蹟的神上之手的少年，將面臨一系列故事……