某夜，中國警方一舉破獲了由香港黑社會和大陸犯罪分子內外勾結的走私交易。這次行動由“雷霆行動組”直接指揮，生擒香港黑社會四龍幫老大陳雄，故意放走了四龍幫原老大龍山，引起了四龍幫與龍山派系的內訌。龍山迫於各種壓力，投誠大陸警方，要求警方保護他和女兒的生命安全。化名為韓衛東、何良和“雷霆行動組”成員和化名為尤婷香港女警官分別從三個不同的角度潛伏介入香港“黑仔聯盟”，由此揭開了“雷霆行動”的序幕。 由劉志豪指揮的“雷霆行動”，意在破獲香港黑社會中組織嚴密，類似恐怖組織的黑仔聯盟，陳雄和龍山均系黑仔聯盟的骨幹。陳雄頑固不化，把交待視作交易。因其罪行特別嚴重，被地方法院處以極刑。龍山雖是投誠，但也只是用一些黑仔聯盟的毛皮搪塞警方。劉志豪欲擒故縱，引蛇出洞，放龍山回香港。
　　龍山回到香港，黑仔聯盟和四龍幫譁然。黑仔聯盟的神秘首領侯爺，一方面縱容挑唆陳雄的弟弟，四龍幫新老大陳彪和龍山火拼仇殺；一方面秘密派人對韓衛東和龍婷秘密調查，同時對陳彪的拜把子兄弟，死在旺角海灣的何三拐的弟兄何良暗查明訪。一時間冷豔性感的女郎葉雲反手為雲，覆手為雨，忙得不亦樂乎。葉雲明是陳彪的情人，暗是侯爺的魚鷹，叱吒黑幕風雲。
　　龍山擺脫警方的監視，私下到紅吧與美國康壽公司的道瑞會晤，不期撞上陳彪。陳彪正欲找龍山算帳，報陳雄在大陸被殺之仇（實際上陳彪篡奪其哥而出賣陳雄），不料龍山並沒擺脫女警官龍婷的監視，尤婷的出現打亂了龍山和陳彪的計劃。龍山從紅吧後門逃走，尤婷寡不敵眾，落入陳彪魔掌。
　　劉志豪和香港國了示刑警督察屠法中為營救尤婷，派韓衛東前去綁架葉雲，以此人質互換，警方也因此牽出紅吧和葉雲兩條線。警方洞悉龍山的狡詐之時，正值龍山的弟弟魏甫在家族內政變，不料魏甫反而死於魏亦鳳之手，警方逮捕了龍山。
　　龍山的逮捕引發了黑仔聯盟一系列行動，告訴了警方龍山在黑仔聯盟中的作用，韓衛東和尤婷幾經滲透，按行動組計劃，韓衛東離開魏亦鳳跟隨葉雲，尤婷仍留在魏亦鳳身邊。陳彪為了搶奪龍山的地盤和魏亦鳳鬧得不可開交，而此時侯爺致力於的大“CASE”正在悄悄進行。
　　時值美國康壽公司道瑞因謀殺入獄。劉志豪和吳濤濤赴美國，在美國舊金山FBI的支持下密訪並制服了舊金山華人黑社會的老大弗來西斯·陳，弗來西斯·陳出於無奈，同意協助大陸警方，於是劉志豪以美國通達國際貿易總公司的總經理身份來到了香港。迎接他的是魏亦鳳，侯爺為了獨攬此筆生意，在機場綁架劉志豪，用汽車炸彈炸死了前來開車的尤婷。
　　警方摸清了黑仔聯盟的基本內幕，卻發生了兩個潛伏者的對持。劉志豪機智擺脫了侯爺的監視，冒險約見兩名潛伏者，當兩名潛伏者相遇對上暗號彼此大驚，原來是在臥底時結下宿怨的韓衛東和何良。
　　緬甸警方發現大批自殺身死的“新聖教社”的信徒，這些死者內臟全被掏空，正源源不斷送往南海某漁產碼頭的冷藏庫。劉志豪與侯爺達成協議，警方佈下天羅地網，殊不知還有一條暗線在活動……